会社から受け取った源泉徴収票と6月に受け取った特別徴収税額通知書では、所得控除の額が違います。間違っていませんか

　間違いではありません。
　源泉徴収票は所得税の内容で、特別徴収税額通知書は住民税の内容になっています。所得税と住民税では控除額が異なりますので、金額が違っていても誤りではありません。
　なお、雑損控除・医療費控除・社会保険料控除・小規模企業共済など掛金控除については、控除額が同じになります。